El Río Pilcomayo históricamente ha sufrido contaminación por derrames, en su mayoría por diques de cola. En 1996 ocurrió un derrame en Porco, que terminó en la cuenca alta del Pilcomayo. En 2005 el dique minero de Laguna Pampa II, colapsó en uno de los canales de drenaje. Como consecuencia, se estima que se vertieron 10.000 toneladas de lodo. Más tarde en 2014, el dique de cola de la empresa minera Santiago Apóstol volcó 11 mil metros cúbicos de lodo en la cuenca alta del río Pilcomayo.
Ahora se teme una nueva contaminación por un derrame producido el pasado 23 de julio, cuando en Potosí Bolivia, colapsó un dique de colas de la Federación Departamental de Cooperativas Mineras (Fedecomin). Se cree que los contaminantes llegarán a la parte argentina del afluente en los próximos días, cuando haya más crecidas del lado boliviano del Pilcomayo.
Desde el gobierno de la provincia recomendaron no beber agua, bañarse, ni pescar hasta que Recursos Hídricos determine el estado del río. A su vez, se lleva adelante un programa de asistencia alimentario a las familias de la zona.
